如月零は眼鏡を外すと霊の記憶が見える女子高生。
二年に進級しても相変わらずクラスで浮いたままだが、なぜか同級生の水嶋遙に懐かれていた。
遙にワンダーフォーゲル部に誘われた零は担任教師の鈴宮一貴に後押しされ、ナイトハイクに参加する。
しかしその翌日、 山で合流予定だった遙の弟の陵が行方不明になっていると聞く。
一人で弟を捜しにいこうとする遙を案じた零は、一貴と遙、そしてワンダーフォーゲル部の顧問・相良志帆と共に山を登る。
そこで力を使い陵を捜そうとするが、零の目に飛び込んできたのは異様な「記憶」で――。