加賀百々（かが・もも）は一見、明るくちょっと天然な女子高生だが、実は神と人をつなぐ「在巫女（ざいみこ）」見習いだ。
神使の香佑焔（こうえん）や現・在巫女で曾祖母の一子に見守られながら、日々修業に励んでいる。
ある日、宮司一家の長男・秀行から、妹の史生（しお）が大学に行かないと言いだしたと相談される。
百々は史生に一方的に嫌われているが、力になりたいと思っていた折、ようやく史生を見つける。
だが、様子が明らかにおかしく、本殿から染み出た黒い力が史生に流れ込んでいて――。
大人気シリーズ第三弾！