死闘の末、ボス・オーガに勝利した元社畜の冒険者・水樹了介。
すっかり現代日本にも慣れた様子の妖精娘・ケシーと共に過ごしていたある日、水樹の元に大守市役所の多智花真木がやってきた。
市内にダンジョンが発生したことを受け、急遽新設されたダンジョン管理課。
そこに配属となった彼女は水樹に、オオモリ・ダンジョンを管理するためにペアを組んで欲しいと申し出る。
しぶしぶながらも了承した水樹は、キャロルも交えて謎多きスキル『スキルブック』の調査を再開。
多智花もダンジョン内でステータス化し『魅了』スキルを手に入れ、道中ではスライムによる奇襲を受けるも難なく撃破。
ダンジョン攻略は順調に進んでいく。
だがその裏では、ダンジョンを巡って国家そのものを転覆しかねない陰謀が動き出しており……？水樹とケシーに最大の危機が迫る時、『スキルブック』の真の姿が明らかになる――！