穢れの獣による襲撃から飛空船団を護り、ボキューズ大森海に墜ちたエルネスティとアデルトルート。
森に暮らす巨人族――カエルレウス氏族と出会った彼らはやがて、巨人族の間で起こる戦いの流れに飲み込まれていった。
一方の銀鳳騎士団は飛空船団を再編成、森の奥深くを目指して進む。
騎士団長を探す彼らの行動は森に様々な影響を及ぼしてゆき、ついに巨人族が最大氏族であるルーベル氏族が動き出すに至った。
圧倒的な力、さらに穢れの獣を引き連れたルーベル氏族の暴虐に立ち向かうため、エルたちは各氏族を糾合し諸氏族連合軍の立ち上げを計画する。
小魔導師とともに空を行く二人は、道の途中で銀鳳騎士団と合流。
その協力をもってついに諸氏族連合軍の結成を成し遂げたのだった。