関ヶ原の役を契機に東西に分断された日ノ本。
神豊諸侯連合が治める西では陰陽道が発達して妖（あやかし）が跋扈（ばっこ）し、帝国議会政府が治める東では封神兵器・鬼巧（きこう）が開発されていた。
西の独立自治区・京で暮らす医学生・竹中光太郎は、貧しいながらも学問に打ち込む日々に幸せを感じていた。
一方、東の帝国陸軍武官・真田幸成は不祥事を起こし飛騨に左遷されていたが、公武合体を目論む帝国政府元老・井伊直弼の密命を帯びていた。
だが井伊は勅許を得ぬまま米国と通商条約を締結、その独断に抗議するため加賀前田家が軍を起こす。
そして、この蜂起に端を発する東西合戦で、光太郎と幸成は望まぬまま相まみえることに――幕末を舞台に科学と妖術が衝突する、大河スチームパンク。