22世紀初頭、木星の衛星エウロパで無人メカが小さな生物の死骸を発見した。
エウロパの分厚い氷殻の下には火山と液体の海があり、苛酷な環境に適応した独自の生命が進化していたのだ。
さらに、氷の内部では規則的な刻印が発見される。
もしや知的生命が遺したものだろうか？エウロパに到着した女性科学者ボニーたち有人国際探査チームは、驚異と恐怖に満ちたファーストコンタクト（地球外生命との初遭遇）を経験する。
しかし貴重な発見の扱いをめぐり、地球でもエウロパ上でも深刻な対立が発生。
次々と訪れる危機に、ボニーは敢然と立ちむかう！