海賊対処等関連法の可決により、本格的に異世界の海の取り締まりに乗り出した海上保安庁ならびに海上自衛隊。
先陣を任されたミサイル艇『うみたか』や『はやぶさ』の活躍もあり、商船を襲う海賊船は次々と拿捕され、海の治安は少しずつ改善されていく。
そんな中、海賊達に大砲を貸しつけていたとされる、とある国家の情報が浮上する。
その国とは、海に浮かぶ大国アトランティア――江田島一佐と徳島二曹は、アトランティアとそこに本部を持つ裏組織を探るべくさっそく潜入を試みる。
だが、大小の船団が寄り集まって形成されたその不気味な海上国家では、『門』内外を巻き込む陰謀が蠢いていた――