勇者召喚に巻き込まれて異世界に転移した少年・シンは、ティンパイン王国の宰相チェスターの後ろ盾を得て、王都の学校に入学する。
強力な加護を持つ神子であることを隠して無難な学校生活を送るシン。
錬金部――という名の実質家庭科クラブ――に入った彼は、料理をしたり植物を育てたりと悠々自適な日々を過ごしていた。
そんな中、部の活動で作った騎獣用のクッキーが何者かに盗まれ、校内で食中毒事件が発生してしまう。
錬金術部の幽霊部員である子爵家の令嬢の仕業と睨んだシンたちは、平穏な学園生活のために犯人を追い詰めていく――