ヤツらから守るもの、そして人間とは何か！？ U-NASAに「謎の獣人」の目撃情報がもたらされた。
場所は、マヤ時代のものと思われる遺跡がある中米ユカタン半島ジャングルの奥深く。
調査命令がM.O.手術（モザイク・オーガン・オペレーション）不適合者のトーヘイ・タチバナとエリザベス・ルーニーのチーム、スカベンジャーズに下った。
更に、調査区域のグランメキシコ出身であるシーラ、アレックス、マルコスが同行、調査チームのリーダーに河野開紀（こうのかいき）が任命される！！ ジャングルの奥にある問題の遺跡へと向かうトーヘイたち。
しかし、そこで待ち受けていたのは様々なM.O.手術（モザイク・オーガン・オペレーション）を応用した試作改造テラフォーマーの襲撃というヤマバの残した負の遺産であった！！ 激戦の果てにある、守るべきものとは――！？ 原作完全監修のオリジナルストーリー、激戦の第3弾！！