初恋の君は世界遺産だった―！！ 世界遺産（せかいいさん）―それは人類が継承すべき文化と文明の物証。
だが数年前から、ごく普通の少女たちとそれら世界遺産が、その存在をリンクするという怪現象が世界各地で頻発していた。
世界遺産を具現化した特殊能力を備える彼女たち‘遺産少女’（いさんしょうじょ）が集められた‘世界樹学園’（ユグドラシル）に入学した和久三太郎（わくさんたろう）は、そこでかつて心を交わした少女、桜田（さくらだ）・F・ミリアと再会する。
「わたし、サグラダファミリアになっちゃったの！」 一筋縄ではいかない遺産少女に囲まれながら、ミリアを普通の女の子に戻す方法を探す三太郎。
そんな中、ミリアを襲う謎の遺産少女が現れ……前代未聞の異能力バトル、いま開幕！