【合本版】「クライシス・ギア」は有事の際、人間を守る発明品だった。
だが10万人に1人の確率でこれを武器（ウェポン）化できる人間が現れた。
高校生・九重慎（ここのえ しん）もまた武器化の才能を持っていたため、政府機関「特防」に所属するエージェントとなった。
そんな彼に、財閥令嬢である緋扇紗々良（ひおうぎ ささら）の身辺警護依頼が舞い込む。
ただの警備任務のはずが、急変！ 緋扇本家の人間が全員惨殺された！！ 紗々良を守る慎の前にも凶悪犯――クライシス・ウェポンの能力者「セブン」が現れる！ 強き「本能」を刃に――バトルアクション開幕！！