日本を震撼させる女神‘イザナミ’降臨――！ 北欧神話の世界から帰還した蓮たち一行は、梨於奈との婚約話を進めるため日本の魔術組織「神祇院」の本拠地・京都を訪れていた。
梨於奈の妹・芙実花も登場し、将来の家族と仲を深めていく蓮。
だが京都に新たな空間歪曲が発生し神話の世界と繋がってしまう！！ サンクチュアリ・黄泉比良坂――日本神話の世界を瞬く間に滅ぼした女神イザナミは日本へ侵攻、黄泉醜女と呼ばれる凶悪なゾンビたちで関西地方は溢れかえってしまう。
未曾有の危機に為す術のない神祇院は、唯一神に対抗できうる‘神殺し’六波羅蓮に日本を託すのだった……！ 女神イザナミ、英雄スサノオ、八岐大蛇……日本を舞台に新たなる神話級バトルの幕が上がる！！