女神イザナミの日本侵攻と黄泉醜女と呼ばれる凶悪ゾンビによる未曽有の危機を救った六波羅蓮達。
しかし太陽神アポロンに王女カサンドラを奪われてしまう。
神々の遠い故郷ヒューペルボレアに向かったという情報をもとにふたりを追って、六波羅蓮と鳥羽梨於奈は未知なる神域の門を探す。
鳥羽芙実花、聖徳太子、そして『謎の貴婦人』に助けられ、ついにやってきた世界。
そこは世界のほとんどが水没した‘滅びたあとの世界’であった…！ 果てなき海を渡り島から島へと巡る蓮。
恐るべき障碍を乗り越えアポロンとカサンドラを探し出すことは出来るのか――。
新たなる「神殺し」と出逢いが神域でのバトルを過熱させる！！