動物の耳やマズルや尻尾など、ケモノの身体的特徴を持つ少女たち。
通称〈ケモノ落ち〉は、片田舎の学園で集団生活をしていた。
主人公のダーウィンは動物に並々ならぬ執着を示すマジメな動物学者。
新しくその学園に赴任した彼の研究熱心さは、たびたび行き過ぎた行動に現れる。
尻尾の付け根を確認するためにスカートの中に潜り込んだり、上着を脱がせて剪毛を始めたり。
そして、彼女たちが抱える悩みを、動物学者の見地から圧倒的知識で解決する。
ケモノ少女をまったく差別しないダーウィン先生は、どんどん生徒たちに懐かれていくのだった。
すべてのケモナーのための学園ケモノ美少女進化論――！