「神殺し」は世界を救えるか――。
ヒューペルボレアで繰り広げた太陽神アポロンとの戦いによってカサンドラを奪還した蓮たちは、芙実花と厩戸皇子を羅濠教主の下に残し、地球へ帰還の途につく。
しかし、その際に「聖ヨハネの魂」に出会う。
聖ヨハネは蓮たちに、地球滅亡の兆しがある、と告げる。
聖ヨハネの警告を受け、地球に戻った蓮たち。
地球はかつて無い程の異常気象に直面し滅亡の一途を辿っていた。
その時に蓮の目の前に女神アテナが姿を現す――！！ 彼女は蓮に宣戦布告をし、地球に終末の時を迎えさせるべく、世界各地を駆け巡る！！ 蓮は、アテナと終末の時を阻止することが出来るのか……！？ 地球滅亡を懸け、「神殺し」とアテナとの決戦が始まる――！！