飛竜リムドブムル討伐のため、アメリカの傭兵団から攻略法を得ようと渡米を決めた冬佳と春香。
まずはパスポート取得のため、行方不明の父親・志木を捜しに日本縦断の旅に出ることに。
各地のダンジョンを巡り、ようやく再会できた父親は、二人が想像もしなかった秘密を抱えていて……。
そして突如世界中のダンジョンで発生したモンスターの氾濫《スタンピード》。
地球全体が大混乱に陥る中、日本最強の二人は‘影の英雄’になることを決意し、地上に溢れ出るモンスターを討伐しようと東京ダンジョンへと向かう。
しかし兄妹はそこで恐ろしい真実を目の当たりにするのだった。
人類とモンスターの戦争が、今、始まる――。