太一とアグモンたちが出会ってから、十年以上が経過した2010年。
世界中の‘選ばれし子どもたち’の周囲で、ある事件が起こり始める。
太一たちの前に現れたデジモンを専門に研究する学者・メノアと井村は、‘エオスモン’と呼ばれるデジモンが原因だと語り、助力を求めてくる。
しかし、エオスモンとの戦いの中でアグモンたちの‘進化’に異変が起こる。
その様子を見たメノアは、太一たちに選ばれし子どもが大人になった時、パートナーデジモンはその姿を消してしまう、と告げ―― 大人気シリーズ劇場版を、本編未収録部分も含めて最速小説化！