「選ばれし子どもたち」の1人である八神太一は、大学4年生になった今も将来を決めることができずに悩んでいた。<br />そんな中、謎のデジモンによって「選ばれし子ども」の行方不明事件が多発する。<br />アメリカでデジモン研究を進めているメノアが、その事件の解決のため太一たちに力を貸して欲しいとやってきて……。<br />この事件の裏には一体なにが!?