高校生・朝戸雄一の敬愛する、探偵部の先輩・後光院凛々花は、警察が手を焼く難事件さえ解決してしまう、天才的な頭脳の持ち主だった。
彼女の推理力と、「名探偵とその助手」という二人の関係は、凛々花が殺されて霊となった後も、決して失われることはなかった――。
雄一は、凛々花の頭蓋骨を抱え、謎に飢えた彼女の好奇心を満たすため、自分だけが聞こえる凛々花の声を頼りに、次々起こる事件を追う。
路上で発見された小指、バレンタインの変死体、奇妙な脅迫状、学校内で起きた殺人……事件の真相と、秘密の関係の行方は？