昼は魔法学園の学生、夜は裏社会の暗殺者というダブルフェイスな日常を過ごす規格外の最強魔法師アルス。
アルスは所属する魔法師ギルド《ネームレス》の仕事で、麻薬に関する事件を片付けていたところ、敵対勢力である《神聖騎士団》による襲撃を受ける。
両勢力の暗黒都市の収益（シノギ）を巡る争いが本格化していく。
一方の学園生活では、アルスの等級は早くもSランクに達し、同級生のレナとルウもアルスの指導の甲斐あって順調に成長中。
とある休日、レナと二人で過ごすことになったアルスに、次々と《神聖騎士団》の刺客が襲いかかるが――！？ 裏社会の最強魔法師がおくる学園無双ファンタジー第三弾！！