将軍・徳川吉宗直々の命により動く、影の隠密組織「十二支組」。
さまざまな能力を持つ隠密たちが集うなかで、祝辰之介は、一番の腕利きとして知られていた。
ある日、商家が賊に襲われ、主の孫・真吉が誘拐されてしまう。
賊の呼び名は「暗闇団」。
金品ではなく子どもを拐かし、身代金を狙う、特殊な盗賊集団であった。
事態を重くみた町奉行・大岡越前は、暗闇団の撲滅を目指し、辰之介に探索の命を出す。
そして、暗闇団の四人の幹部・四天王も、それぞれの思惑を秘め、江戸の闇に蠢きだした。
十二支組と四天王の激闘が続くなか、辰之介が最後に暴き出す驚愕の真実とは…。