世界滅亡の危機に瀕する2045年から、無敵の兵装を施され、百年前の沖縄戦に舞い戻った戦艦大和。
伊藤整一を司令長官とし、戦闘輸送艦摩周を従えた大和は、ステルス戦闘機天雷と強力な攻撃・防御システムを駆使して沖縄に迫る米艦隊を殲滅。
さらにマリアナ諸島に進撃し、戦略爆撃の要であるサイパン、テニアン、グアムをも陥落させた。
米海軍が西太平洋の制海権を失ったことによって、講和への道に進むかと思われた日米戦。
だが、合衆国の抵抗は執拗だった。
彼らは、ロスアラモスで開発が進む秘密計画によって起死回生の逆転を狙っていたのだ。
大和戦隊の目的は未来世界の救済。
そのためには、なんとしても原子爆弾の開発を阻止しなければならない。
伊藤長官は、敗戦に動揺する合衆国軍提督の一部を抱き込み、アメリカ本土での一大決戦に挑むことを決意した！