父の仇のため友を斬り、脱藩浪士となった大和郡山藩国目付嫡男・式部右近。
討手から逃れる右近は箱根で湯宿を営む元盗っ人の吉兵衛と出会い、二人は共に江戸へ向かう。
一方、妻籠宿の名主の元に奉公していた小夜はやむなく人を殺め、身を隠すために江戸で巫女になっていた。
小網町界隈に住まい、親仁橋の袂の芋酒屋で偶然出会った三人は、それぞれが抱える闇に心を動かされ、次第に惹かれ合っていく。
そんなある日、吉兵衛の昔の仲間が自ら命を絶った。
陰陽師として当てて左団扇だった男がなぜ？ 死の裏に町方御用聞きの企みが蠢いていることを知った彼らは悪党を闇討すべく動き出すが…。
悪い奴を眠らせるのに理屈はいらねえ――江戸の悪に三人が挑む必殺シリーズ！