一九四四年六月、連合軍はドイツ占領下の北仏に侵攻を開始した。
三百万の兵を動員した史上最大のノルマンディー上陸作戦である。
ドーバー海峡を埋め尽くした連合軍の艦艇。
その背後には新兵装の戦艦『大和』と六航戦の空母群の姿があった。
歴史を日本に有利に導くべく時空を超えてきた自衛隊の反乱艦『やまと』は、それを阻止するために追跡してきた『むさし』を撃沈したのち消息を絶っていたが、必ずこの戦場に現れると看破した山本五十六は、連合艦隊を欧州に派遣したのだ。
未来兵器を装備した『大和』は、出現した『やまと』を猛攻。
窮余の未来艦は時航機を作動させ、両艦はもつれあって時空を超えてしまう。
両艦が飛ばされた先は二〇一〇年の大西洋。
だがそこで彼らが見たものは、ニューヨーク上空で炸裂するドイツの核爆弾だった。
思わぬ方向に歪曲された歴史は修復できるのか？超時空連合艦隊の最後の戦いが始まる。