昭和17年、南太平洋の制海権を奪った連合艦隊は司令長官・山本五十六が直率する南雲艦隊の縦横無尽の機動力で米太平洋艦隊を叩き潰すと、休戦交渉を開始した。
だが米国はこれを拒否、徹底抗戦の構えに出る。
山本は局面を打開すべく、米本土に直接脅威を与える作戦を企図。
全艦隊を駆使した奇想天外の戦略によってついにハワイ占領に成功した。
一方、日本との軍事同盟を熱望するドイツだったが、日本政府はこれをつっぱね、目論見が破れた第三帝国も次第に動揺し始める。
米独二国の消耗によって大きく動き始めた戦局。
いよいよ窮地に追い込まれた合衆国大統領ルーズベルトは、原子爆弾の使用を決意。
屈辱的講和を避けるべく、オアフ島に向けてB29を発進させた。
最大の危機を迎えた連合艦隊の運命は？シリーズ完結編。