公儀学問所の教授をつとめる伊能小五郎は、幼少のころに儒教の書物を暗記し、幕府の筆記試験を特等で合格した稀代の天才。
ゆくゆくは朱子学を背負ってたつ逸材と期待されたものの、早々と儒学を放りだすや、蘭学にのめりこむ始末。
当然、学問所でも眉をひそめられる存在であるが、当の本人はいっこうに気にしない。
そんな小五郎のもとを、今日も今日とて、吟味方与力・深津剛次郎が訪れる。
ふたりは幼馴染みの腐れ縁で、難事件が起きるや、剛次郎はすぐさま、小五郎の力を借りにくるのだ。
渋ってみせる小五郎も、謎への興味は抑えがたく、こうして事件探索へと乗りだしていくのだが…。
天才学者の捕物帖、堂々のシリーズ開幕！