明治16年、文明開化の東京にやってきた、大阪の古物商の娘・花岡イカルは、親戚のトヨの用事で上野の博物館を訪れた際、館長に目利きの才を認められ、博物館の古蔵で怪異の研究をしている織田賢司（= 通称トノサマ）の手伝いをすることになる。
トノサマの指示で蔵の整理を始めたイカルだったが、台帳と収蔵品の照合を終えた後、黒手匣（くろてばこ）という品物だけが何者かによって持ち去られたことが発覚した。
いったい誰が、何の目的で盗んだのか？ 隠れキリシタンゆかりの品とも噂される、この匣に隠された秘密とは？