米国の採石場で人知れず働く一人の男がいた。
彼の名はウィン。
かつてアトランチス島を攻略した冒険家であったが、兄弟子であるルイスの策略によって、うだつのあがらない日々を過ごしていた。
そんな彼の元に、ウィンの師匠の娘・ハナが現れ、新聞の一面を突きつける。
──アトランチス島復活！？一度は沈めたアトランチス島が、何故か再浮上したというのだ。
師匠の無念を晴らすため、そしてアトランチスの謎を解き、再び沈めるため、ウィンは再び‘ボン’を片手にアトランチスへの冒険に望むのだが……そこにはある陰謀が張り巡らされていたのだった。