風魔の野望を砕け！ ふんどし忍者娘天正12年（1584年）信濃国・真田の庄に、ポニーテールの美少女がいた。
少女の名は「風」。
どことなくあどけなさが残る風は‘くノ一’になるための試験を受けるため、はるばる京よりやって来たのであった。
風は抜群の成績を収めるものの、最終試験をとある理由で落としてしまう。
しかし、忍びを束ねる真田信繁の計らいで、風は合格者が受ける実地研修で追試を受けることになるのだった。
だがそこは、真田家の忍者を襲う謎の者と、宿敵たる忍者集団‘風魔’が暗躍する地だった……。