花園学園中学の部活で、いちばん有名な「花中探偵クラブ」。
これまで数々の難事件を名推理で解明してきた。
部長で中2の神保雷太を含む優秀な部員は6名。
その活躍の場は学園内はもちろんのこと、校外からもうわさを聞きつけ事件解決の依頼が続々と舞いこんでくる。
さて今回は、科学的な捜査をモットーとする花中探偵クラブにライバル心をメラメラ燃やす超常現象研究部部長・青木大地の挑戦状が届くところからお話は始まる。
どんな対決になるかと落ち着かない探偵クラブに、事件発生の知らせが！先生や生徒の持ち物が次々と盗まれるというのだ。
しかし、この事件は副部長の橋本健介の推理により解決し、盗まれたものも発見される。
だが、持ち主が現れないボールペンの軸から5万円が見つかった。
それからまもなく、新聞部と花中探偵クラブの部室が荒らされる。
犯人の目的は5万円入りのボールペンか…。
そして取り込み中の部室に、入部希望の転校生が現れる…。