「あなたの存在は許せないの」沖縄基地に停泊中のヤマトにて、誠は同盟国の第四帝国最強の魔法士シンディに喧嘩を売られていた。
一方、模倣人による侵略が激化する世界で、ヤマトは異世界の入口であるポータルキューブ破壊を目指す。
「リン姉、生きてたんだ……」そんな中、誠と美空の前に姿を現す姉、果林。
しかし果林の側にはヤマトを【星震う夜の開幕】で攻撃したホリーホックと名乗る男がいた。
ホリーの出現に動揺を見せるヤマト。
魔法でも体術でも、誠を凌駕するホーリーによって、ヤマトは占拠されてしまう！ 誠はヤマトを、そして世界を奪還できるのか！？学園バトル・マギカ第2弾！