近未来、人類は突如現れた謎の巨大生命体ヒュージとの戦闘に明け暮れていた。<br />通常兵器では倒しきれないこの強敵を前に、人類は決戦兵器「CHARM」を開発する。<br />CHARMは10代の女性に高いシンクロを示し、人々はCHARM使用者を「リリィ」と呼んだ。<br />この物語はリリィ養成機関――白百合女学院高等学校の工廠科に所属する真島百由、そしてその仲間の友情と戦いの物語である……。<br />
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