佐久間由衣主演で『時空探偵おゆう 大江戸科学捜査』としてドラマ化もされた＜大江戸科学捜査 八丁堀のおゆう＞シリーズの最新作！ 貧乏長屋に小判が投げ込まれるという奇妙な事件が起こる。
江戸と現代で二重生活を送る十手持ちの女親分・おゆうこと関口優佳は、かの有名な鼠小僧の仕業かと色めき立つが、出現時期が史実と食い違っていることに困惑する。
そんな折、おゆうたちは旗本の御用人から内々に相談を持ち掛けられた。
ひと月前に賊が屋敷に侵入し、金二十両と刀一本を盗まれたというのだ。
持ち去られた脇差は、妖刀「千子村正」だという。
科学分析ラボの宇田川も江戸にやってきて、おゆうは鼠小僧の正体と村正の行方を追いかけるも、事態は長屋の浪人殺しに発展し……。