私立向日葵（ひまわり）高校では、今年から生徒全員が何らかの部活動に入らなければいけないことになった。
去年まで帰宅部だった高2のハルは、どうしても既存の部活に入るのが面倒臭く、苦し紛れに「初恋部」という名の部活を自ら設立して部長に就任する。
これは、活動の実体がないペーパーカンパニーのようなもの。
生まれてこの方恋を一度もしたことがない女子生徒が、華のセブンティーンが終わるまでに無事初恋をできるようにする――というわけのわからない活動目的を掲げ、入部条件を極端に厳しく絞ることで、結果として所属部員が自分一人という居心地のいい部活を作り上げたのだ。
帰宅部継続作戦をまんまと成功させたハルは、相変わらずぐうたら生活を続けようとする。
しかし、誰も入ってこないと思っていた「初恋部」に、なんと続々と入部希望者が現れ始めた！「年齢=恋人いない歴」どころか、まだ初恋の経験さえない個性豊かな女子高生四人は、どうにか一度くらい恋をしようと本気で作戦を練っては奮闘する。
その過程で、初恋部はひょんなことからさまざまな謎にぶつかり、それを解き明かしていくことになる――。