『新入生のみなさま、ようこそ学園島へ！ 』孤島の学園で目を覚ました生徒たちは、ダンジョンを攻略することで島から解放されると告げられる。
まるでゲームのような世界で、主人公・鳴瀬悠人は赤髪の少女・七崎夏海と共に学園の地下にある無機質な扉を開ける。
扉の先に広がるのは点在する数多くのダンジョン、徘徊するモンスター、そして死んだ生徒たちだった。
信じがたい状況を受け入れた二人は、隠された謎を明らかにするためダンジョンに挑むことを決意する。
果たしてこれは現実なのか？ 学園島とは何なのか？ 学園バトルアクションストーリーが幕を開ける！ダンジョンを攻略し、孤島を脱出せよ――！！