機械都市東京――それが現在の東京の呼び名である。
20XX年、突如出現した金属の身体を持つ機械生物（ドレッドメタル）によって東京は占拠された。
占領地域を拡大する機械生物に対抗する手段はなく、多くの人命が無為に失われた。
人類は強大な敵である機械生物に対抗するため、「イグジア」と呼ばれるエネルギー粒子の兵器を開発し、特殊能力を持つ覚醒者を集め組織化していた。
その部隊に所属する青年・亜崎陽一は多くの人間が突入を試み死亡した任務――機械生物の巣窟である『機械都市』潜入任務から、唯一帰還した経験を持っている。
陽一は再び『機械都市』に突入するため、『最強の覚醒者』の少女・緋神ユズハに出会う。
『唯一の生き残り』亜崎陽一は、『限界超越者』緋神ユズハと共に機械都市を攻略し、生存率1％の作戦を遂行できるのか――！