アポロンとメグは、最大の敵ネロと仇敵の大蛇ピュトンを倒すため、ニューヨークにあるネロの塔を目指す。
途中、メグの剣術の師匠だったルーに襲われるが、実はルーはネロを裏切り、メグを助けに来たのだった。
アポロンたちは、ニコやレイチェルらとともにネロの塔に侵入するが、ネロにはルーの裏切りはバレており、メグはネロの元に連れ去られ、アポロンとルーも捕まってしまう。
アポロンは、多くの仲間たちの助けを借りてもう一度ネロと相対する。
ネロの策略により傷ついたアポロンがとった行動は──。
仲間とは、家族とは神とはなにかを問う、アポロンの冒険、最終巻。