転校してきたばかりで友達のいない女の子、森野くるみは、学校の帰り道で1匹の子犬を拾う。やんちゃと名づけられた子犬と一緒に暮らすうちに、実はやんちゃが人の言葉を話せることがわかり、二人は友達となって日々を過ごすことになる…。クラスメイトとのトラブルを解決したり、寒さに凍えそうになっているツバメを助けたり、ノラネコと町の人との交流を手助けしたり……。くるみにとって、今までの味気ない日常がウソのような毎日を過ごしていた…。ある日、やんちゃが本当は1000年後の未来から、滅びてしまう地球の歴史を変えるためにやってきたことをくるみは知る。驚きこそしたものの、くるみはかけがえのない親友であるやんちゃの手助けをするため、ふたりでやがて来る災害へと立ち向かう……。