体の異変を感じ、ついに巨大化までしてしまった高校生の南ゆうは、巨大ヒロインシャウティスとして出現した宇宙怪獣と戦い、その後、地球防衛軍の基地で取り調べを受けていた。防衛軍の川西に過去の記憶を話しているゆうの前にピダン星人の杏が現れる。捕らわれていたゆうの友達、翔を返すのと引き換えに、ゆうの体を調べさせるという取引でピダン星人の宇宙船に連れて行かれるゆう。ゆうの力を宇宙戦争に利用しようと考えるピダン星人たちに必死に抵抗するゆうだが、戦闘民族のピダン星人の力の前に倒れてしまう。拷問のような取り調べに耐えるゆう。地球人の愛に興味を抱いていた杏は、味方の星人を攻撃し、ゆうとともに逃げ出してしまう。その際に深手を負った杏は、「地球人が羨ましい」といい絶命する。その時、海に巨大宇宙ロボ、キングボーグが現れる。杏の想い、地球の運命を背負って巨大ヒロインシャウティスが今、立ち上がる。