「神のゲーム」をクリアし、無事に日本に戻ってきた国崎東高校2年B組。特殊な能力を持つ集団を取り込もうとしてきた国家権力をも取り込み、都築紫苑の支配は盤石、かと思われた。だが、そんな都築の前に同じくゲームを無事にクリアしたという人々が現れる。そのうちの1人、アメリカ人のエリックから、ゲームの帰還者たちが相互に協力しあう仕組みを作っており、2年B組の面々にも参加してほしいという提案を受ける。メリットを感じられない提案に、都築の返答は――。同時期に現れた謎のヒーローに襲われるなど、2年B組の周囲は相変わらず騒がしい。ついに、独善的な態度に不満を持ったクラスメイトたちが行動を起こし――！？