両親をなくし、叔母と二人で暮らす高校2年生・草平（そうへい）は、かつて同じ陸上部に属し、親友だった聖（ひじり）によって、教室で孤立させられていた。なぜか草平につきまとう不思議な美少女・マキの無邪気な振る舞いが原因で、草平へのイジメは加速する。在宅で働く叔母ともうまくいかず、好意を寄せていた唯一の理解者の晴香（はるか）も、草平の手の届かない存在になってしまう。居場所を失ったことを強く感じた草平は、ふと気付くと、自分の身体が他人の瞳に映らず、自分の声が他人に届かなくなったことを知る。草平は透明人間になったのだ。あてもなく街をさすらう草平は、やがて見知った野良猫に導かれるように、透明人間たちだけが集まって暮らす「透明街」に迷い込む。