ついにザイ殲滅への光明が差し、作戦準備を進める慧と独飛の面々。
しかし、その作戦はグリペンを始め、すべてのアニマに大きな代償を強いるものだった。
最終決戦目前、日本のアニマ達にロシアのバーバチカ隊も合流し、いざ決戦！ ……といきたい所が、気負う慧を余所に、いつも通りのアニマの少女達。
イーグルは陽気にウォッカをがぶ飲み、ファントムとジュラーヴリクは憎まれ口を叩き合い、慧に絡むラーストチュカにマイペースを貫くバイパーゼロとパクファ。
そして、時を超え慧への変わらぬ想いを抱えたグリペンを待つ結末は──。
美少女×戦闘機ストーリー、蒼穹を駆ける史上最大の空戦が始まる！