一夜にして京都駅を貫いてそびえ立った神樹。
’京都’は、人と怪が混在する魔都と化した……一条絢十は、10年前に消えてしまった幼馴染みの夏奈深雪を追って平和な東京を離れ、政府の定めた第一級閉鎖指定地区’京都’へと潜入する。
だが、隔離都市となった京都は、人と怪（アヤシ）が混在する魔都と化していた。
人類が狩られるべき下位の存在となった魔都で、絢十は京の街に秩序をもたらさんとする組織、京都多種族安全機構の一員となってしまい……！？京都の街を、この街で最弱のヒーローが疾走する！魔都の平和は僕たちが守る！