ソーマとメルがファムにいざなわれ訪れた‘箱船の守り人（ネフィリム）’のアジト。
しかしそこは、何者かに壊滅させられた後だった。
襲撃者は、世界を守るはずの教会。
その事実を知ったとき、ソーマは信じてきた教会の闇を暴く決意をする。
一方聖都では、教皇ディアドラが世界の滅亡を予見。
箱船が人々を救うとし、民衆を街へと集めていた。
果たして古の伝説‘箱船’は、人々を救うのか、それとも滅ぼすのか。
人と悪魔との最後の戦い。
そしてソーマとトーマ、因縁の兄弟の邂逅。
すべては教会の総本山、聖都で決着する――！！