近未来、ハイテクノロジーの武装兵器《可変機巧（オートマタ）》が普遍化する都市「京」で、古式からくり技術を守る絢吊透過（あやつり とうか）は逃亡者となった。
その罪は「父殺し」――何者かに嵌められ、無実の罪で追われる最中、透過は自我を持った白き人型兵器・《からくり人形》のミソギと出会う。
「おい、クソ人形」「私は人形ではありません、人間です」――からくり嫌いな少年と、その先祖が造り出した時代錯誤のからくり人形。
真犯人を追う凸凹コンビの行く手を阻むのは、最新兵器で武装した警察機巧隊や反政府組織の強者たち。
大きな勢力が蠢く事件の裏には、機械化のきっかけとなった過去のクーデターや絢吊一族の秘密が絡んでいて……。
古式コンビが、ハイテク《可変機巧（オートマタ）》をぶち壊す、近未来バトルアクション！