地獄（？）の合宿を乗り越え、國友はるかが所属する聖フロンティア学院の銃道部は、いよいよ高校地区大会を迎える。
だが、もう一歩で勝利か、というところで試合相手の紫陽花高校チームの女の子たちが「武装銃」というバトルスーツのような物を身にまとい、襲いかかろうとする。
委員長の毛利さやと宮本エリーナは「神封器」で変身して戦おうとするが、佐々木三姉妹の長女・舞美子が乱入してきて、事態はもう混戦状態に！ そして、國友はるかは知ることになる。
自分にまつわる過去と能力を……。
先祖にまつわる因縁と自分たちが倒すべき、本当の敵の正体を……。