スパイダーマン映画史上、最高の興行収益を叩き出した最新作を世界最速でノベライズ化！高校生ヒーローのスパイダーマン/ピーター・パーカーは学校の「科学史ツアー」で片想い中の女子・MJとの距離を縮めようと画策するもヴェネツィアで謎の巨大な怪物が現れる！ 戦おうとするピーターだが、そこにスーツを着た謎の新ヒーロー・ミステリオが飛来し、魔法とも科学ともつかない力で怪物を撃退。
ミステリオからピーターは、彼の世界を滅ぼした「エレメンタルズ」がこの世界も狙っていることを告げられる。
シールド元長官のニック・フューリーも現れ、新たな戦いへと巻き込んでいく――。
ピーターが選ぶのはMJとの恋愛か、トニー・スタークから託された『鉄の意志』か、それとも…？