2017年8月某日。
平城学館中等部三年・朝比奈北斗（あさひなほくと）と鎌府女学院中等部一年・伊南栖羽（いなみすう）は那覇空港に降り立った。
刀剣類管理局が米軍と共同開発していた『S装備［ストームアーマー］』の運用試験に、テスト装着者として参加するためだった。
同日。
もう一人の刀使が沖縄に到着した。
綾小路武芸学舎の初等部六年・燕結芽。
彼女たちは互いのことを知らなかったし、関わりの無いもの同士だった。
いまはまだ。
この物語は、彼女たちの秘匿された闘争の記録。
S装備を巡る策謀の中、北斗、栖羽、結芽、さらに親衛隊や舞草の剣先が交差する。
TVアニメ『刀使ノ巫女』本編の1年前の物語が初ノベライズ！！