俺は忍者などにはならない。武士になる！高名な忍び、服部半蔵の長男として生まれた正成。だが、忍びは闇に紛れて騙り、偸み、殺す……まさに「影」の仕事だ。ある日、父から下された初めての任務は、あまりに非情なものだった。そのうしろ暗さに耐えられなくなった正成は、家を飛び出してしまう。忍びにはならない、正々堂々と戦う武士として生きると心に誓って。時は流れ、渡辺守綱家人として武士修業を積んだ正成は初陣を迎えた。この戦場で、密命を帯び急襲にあたっていた父・服部半蔵保長と、正成は十数年ぶりの再会を果たす。しかしその直後、父は謎の忍び・梟に襲われ命を落としてしまう。さらには正成までも梟の恨みを買い、命を狙われる羽目に。さらに、屋台骨を失った服部半蔵家の家督を正成が継ぐようにというお達しが出る。主君である徳川家康からの命とあっては断ることはできない。本人にとっては実に不本意ながら、二代目服部半蔵が誕生したのだった。武士にも忍びにもなりきれない半端者（しょったれ）は、それでも乱世の人々と縁を結び、運命に抗い、仲間と共に修羅場に挑む。父、その仇である梟との奇妙な因縁を乗り越え、忍びの世の終わりに「しょったれ」が見出す未来とは――。