エリュシオンから強制的に脱出したソラとリンは、虚無の世界をさまよう。救い出してくれたのは、ふたりのナイトスクールの親友であるレオであった。レオの助けで地球に戻ったソラは、エリュシオンに出入りするための鍵を失くしたことに気づく。自らの愚かな行為に絶望しながら、地球でエリュシオンの絶望的な未来を想像するしかなかった。虚無の世界で受けた意識へのダメージと鍵を失ったという絶望感により、心を病んだソラは不眠の日々を過ごす。しかしどうにかして心の傷をいやすと、レオの助けを求めて明晰夢の世界を再訪する。そこで自分とティーグレについて、驚愕の事実を知るとともに、失った鍵をとり戻す方法を教えられる。ソラが去ったあとのエリュシオンは、暗黒時代を迎えていた。全面戦争に突入したエリュシオンをかりそめの平和に導いたのは、ダークサイドに屈したティーグレとホワイトだった。恐るべき特殊能力を有する双子は、恐怖と絶望で惑星を支配しようとしていた。剣の守り手たちは命を狙われ、立ち上がったラ・ルーの一族も全滅の危機にひんしていた。悲惨な現状を知ったソラは、鍵をとり戻してエリュシオンを救いたいと願う。だがそれは究極の選択を迫られることになった。もう一度銃殺直前の時空に戻らなければならず、リンの命を危険にさらすことになるからだ。だが意外な人物が、ソラの決断をあと押しすることになる。エリュシオンに戻ることをあと押しした人物とは？リンと剣の守り手たちの運命は？ソラとティーグレとに関わる驚愕の事実とは？そして、ソラとリンだけに知らされたもうひとつの予言とは？この第3部ですべての真実が明らかにされ、次元上昇を意図する惑星エリュシオンの最後の奮闘が描かれる。